Authors: Mahdi Saatchi, Robert D Schnabel, Jeremy F Taylor and Dorian J Garrick
(Contact: dorian@iastate.edu ) Affiliation: Iowa State University Title: Large-effect pleiotropic or closely linked QTL segregate within and across ten US cattle breeds Journal: BMC Genomics, 15:442 (2014)
DOI :
10.1186/1471-2164-15-442 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Body weight
Chr.X : Asso:24924 , Asso:24927 . Chr.1 : Asso:24679 , Asso:24743 , Asso:24744 , Asso:24745 , Asso:24746 . Chr.2 : Asso:24522 , Asso:24710 , Asso:24747 . Chr.3 : Asso:24680 , Asso:24681 , Asso:24711 , Asso:24748 , Asso:24749 , Asso:24780 . Chr.4 : Asso:24523 , Asso:24712 , Asso:24750 , Asso:24781 . Chr.5 : Asso:24524 , Asso:24525 , Asso:24682 , Asso:24713 , Asso:24782 . Chr.6 : Asso:24526 , Asso:24527 , Asso:24528 , Asso:24529 , Asso:24530 , Asso:24531 , Asso:24532 , Asso:24533 , Asso:24534 , Asso:24535 , Asso:24536 , Asso:24537 , Asso:24683 , Asso:24714 , Asso:24715 , Asso:24716 , Asso:24717 , Asso:24718 , Asso:24719 , Asso:24720 , Asso:24721 , Asso:24722 , Asso:24723 , Asso:24751 , Asso:24783 , Asso:24784 , Asso:24785 , Asso:24786 , Asso:24787 , Asso:24788 , Asso:24789 , Asso:24790 , Asso:24791 . Chr.7 : Asso:24538 , Asso:24539 , Asso:24540 , Asso:24541 , Asso:24684 , Asso:24685 , Asso:24724 , Asso:24725 , Asso:24726 , Asso:24727 , Asso:24728 , Asso:24792 , Asso:24793 , Asso:24794 , Asso:24795 , Asso:24796 , Asso:24797 . Chr.9 : Asso:24752 . Chr.10 : Asso:24729 . Chr.11 : Asso:24730 , Asso:24753 . Chr.12 : Asso:24754 . Chr.13 : Asso:24542 . Chr.14 : Asso:24543 , Asso:24544 , Asso:24545 , Asso:24546 , Asso:24547 , Asso:24731 , Asso:24732 , Asso:24733 , Asso:24734 , Asso:24755 , Asso:24756 , Asso:24798 , Asso:24799 , Asso:24800 , Asso:24801 , Asso:24802 . Chr.15 : Asso:24686 , Asso:24735 , Asso:24757 , Asso:24758 , Asso:24803 . Chr.17 : Asso:24548 , Asso:24549 , Asso:24736 , Asso:24759 . Chr.18 : Asso:24760 , Asso:24761 . Chr.19 : Asso:24762 , Asso:24804 . Chr.20 : Asso:24550 , Asso:24551 , Asso:24552 , Asso:24553 , Asso:24687 , Asso:24737 , Asso:24738 , Asso:24739 , Asso:24740 , Asso:24805 , Asso:24806 , Asso:24807 , Asso:24808 . Chr.21 : Asso:24554 , Asso:24555 , Asso:24763 . Chr.22 : Asso:24764 . Chr.23 : Asso:24556 . Chr.24 : Asso:24765 . Chr.25 : Asso:24766 , Asso:24767 . Chr.26 : Asso:24557 , Asso:24558 , Asso:24741 , Asso:24809 . Chr.29 : Asso:24742 , Asso:24768 , Asso:24769 , Asso:24810 .
QTL for Calving ease
Chr.1 : Asso:24559 , Asso:24588 . Chr.2 : Asso:24560 , Asso:24561 . Chr.3 : Asso:24562 . Chr.4 : Asso:24563 . Chr.5 : Asso:24564 , Asso:24565 , Asso:24589 , Asso:24590 . Chr.6 : Asso:24566 , Asso:24567 , Asso:24568 , Asso:24569 , Asso:24570 , Asso:24571 , Asso:24572 , Asso:24573 , Asso:24574 , Asso:24575 , Asso:24591 , Asso:24592 , Asso:24593 . Chr.7 : Asso:24576 , Asso:24577 , Asso:24594 , Asso:24595 , Asso:24596 . Chr.8 : Asso:24597 , Asso:24598 . Chr.9 : Asso:24599 , Asso:24600 . Chr.10 : Asso:24601 , Asso:24602 . Chr.11 : Asso:24603 . Chr.12 : Asso:24604 . Chr.14 : Asso:24578 , Asso:24579 , Asso:24580 , Asso:24581 , Asso:24605 . Chr.16 : Asso:24582 , Asso:24606 . Chr.17 : Asso:24607 , Asso:24608 . Chr.18 : Asso:24609 . Chr.19 : Asso:24610 , Asso:24611 . Chr.20 : Asso:24583 , Asso:24584 , Asso:24585 , Asso:24612 , Asso:24613 . Chr.21 : Asso:24586 , Asso:24614 . Chr.27 : Asso:24587 , Asso:24615 . Chr.29 : Asso:24616 , Asso:24617 .
QTL for Carcass weight
Chr.6 : Asso:24618 , Asso:24619 , Asso:24620 , Asso:24621 , Asso:24622 , Asso:24623 , Asso:24624 . Chr.7 : Asso:24625 , Asso:24626 , Asso:24627 . Chr.12 : Asso:24628 , Asso:24629 . Chr.14 : Asso:24630 , Asso:24631 , Asso:24632 , Asso:24633 , Asso:24634 , Asso:24635 , Asso:24636 , Asso:24637 . Chr.16 : Asso:24638 . Chr.20 : Asso:24639 , Asso:24640 , Asso:24641 , Asso:24642 . Chr.29 : Asso:24643 , Asso:24644 .
QTL for Subcutaneous fat thickness
Chr.1 : Asso:24645 , Asso:24646 . Chr.6 : Asso:24647 , Asso:24648 . Chr.7 : Asso:24649 , Asso:24650 . Chr.13 : Asso:24651 . Chr.14 : Asso:24652 . Chr.16 : Asso:24653 . Chr.17 : Asso:24654 . Chr.20 : Asso:24655 . Chr.21 : Asso:24656 . Chr.25 : Asso:24657 . Chr.26 : Asso:24658 .
QTL for Marbling score
Chr.1 : Asso:24659 . Chr.2 : Asso:24660 . Chr.4 : Asso:24661 . Chr.5 : Asso:24662 , Asso:24663 , Asso:24664 . Chr.7 : Asso:24665 , Asso:24666 . Chr.9 : Asso:24667 . Chr.11 : Asso:24668 . Chr.13 : Asso:24669 , Asso:24670 . Chr.16 : Asso:24671 . Chr.17 : Asso:24672 , Asso:24673 . Chr.18 : Asso:24674 . Chr.23 : Asso:24675 . Chr.24 : Asso:24676 , Asso:24677 . Chr.25 : Asso:24678 .
QTL for Longissimus muscle area
Chr.X : Asso:24920 , Asso:24922 . Chr.1 : Asso:24688 . Chr.2 : Asso:24689 , Asso:24690 . Chr.3 : Asso:24691 , Asso:24692 . Chr.5 : Asso:24693 , Asso:24694 , Asso:24695 , Asso:24696 . Chr.6 : Asso:24697 . Chr.7 : Asso:24698 , Asso:24699 , Asso:24700 , Asso:24701 , Asso:24702 . Chr.9 : Asso:24703 . Chr.10 : Asso:24704 . Chr.11 : Asso:24705 . Chr.15 : Asso:24706 , Asso:24707 . Chr.16 : Asso:24708 . Chr.20 : Asso:24709 .
QTL for Yield grade
Chr.2 : Asso:24770 , Asso:24771 . Chr.8 : Asso:24772 . Chr.13 : Asso:24773 . Chr.17 : Asso:24774 . Chr.18 : Asso:24775 . Chr.19 : Asso:24776 . Chr.20 : Asso:24777 , Asso:24778 . Chr.26 : Asso:24779 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.X (4) ,
Chr.1 (11) ,
Chr.2 (10) ,
Chr.3 (9) ,
Chr.4 (6) ,
Chr.5 (16) ,
Chr.6 (56) ,
Chr.7 (34) ,
Chr.8 (3) ,
Chr.9 (5) ,
Chr.10 (4) ,
Chr.11 (5) ,
Chr.12 (4) ,
Chr.13 (5) ,
Chr.14 (30) ,
Chr.15 (7) ,
Chr.16 (6) ,
Chr.17 (10) ,
Chr.18 (5) ,
Chr.19 (5) ,
Chr.20 (26) ,
Chr.21 (6) ,
Chr.22 (1) ,
Chr.23 (2) ,
Chr.24 (3) ,
Chr.25 (4) ,
Chr.26 (6) ,
Chr.27 (2) ,
Chr.29 (8) .
Pleiotropic QTL found:
BTA2_6 Chr.2 BTA5_48-50 Chr.5 BTA5_106 Chr.5 BTA6_37-42 Chr.6 BTA7_93 Chr.7 BTA14_23-26 Chr.14 BTA15_38-39 Chr.15 BTA20_4 Chr.20 BTA29_30 Chr.29
Number of gene-based eQTL/associations:
