chromosome 2

100800 bytes allocated in orders_morecore

3024000 bytes allocated in morecore

Option chosen: build

Current values for parameters:

par_file = chr2.par
dat_file = chr2.dat
gen_file = chr2.gen
ord_file = chr2.ord
nb_our_alloc = 3000000    [# bytes reserved for our_alloc]
SEX_EQ = 1   [0 = sex specific analysis, 1 = sex equal]
TOL = 0.010000
PUK_NUM_ORDERS_TOL = 6
PK_NUM_ORDERS_TOL = 8
PUK_LIKE_TOL = 2.000
PK_LIKE_TOL = 2.000
use_ord_file = 1
write_ord_file = 1
use_haps = 1



Haplotyped system (distances forced to 0.0):

  0   CRYG1-5               2   CRYG1-5_2             4   CRYG1-5_3           


Haplotyped system (distances forced to 0.0):

  1   D2S54                 3   D2S54_2             

Haplotyped system (distances forced to 0.0):

 24   D2S38_2              23   D2S38               

Haplotyped system (distances forced to 0.0):

 40   D2S5_2               39   D2S5                

Haplotyped system (distances forced to 0.0):

 42   D2S1_2               41   D2S1                

Haplotyped system (distances forced to 0.0):

 44   TPO                  45   TPO_2               

Haplotyped system (distances forced to 0.0):

 54   APOB_2               53   APOB                

Haplotyped system (distances forced to 0.0):

 64   D2S61_2              63   D2S61               

Haplotyped system (distances forced to 0.0):

 75   TGFA_3               73   TGFA_2               72   TGFA                
 76   TGFA_4              

N.B. Only the first locus in each set is retained in the orders
objects, but the remaining loci are used in all likelihood calculations.



  1   D2S54               
  5   ACP1                
  6   CALMOD              
 10   D2S25               
 13   D2S36               
 15   D2S34               
 16   D2S21               
 17   D2S19               
 18   D2S20               
 20   D2S41               
 21   D2S40               
 22   D2S39               
 24   D2S38_2             
 26   D2S30               
 28   D2S31               
 29   D2S27               
 31   D2S28               
 33   D2S62               
 34   D2S16               
 35   D2S17               
 36   IL1-RN/pcr          
 37   IL1A/pcr            
 38   IMR-6               
 40   D2S5_2              
 42   D2S1_2              
 44   TPO                 
 49   LCO                 
 50   D2S70               
 54   APOB_2              
 55   D2S51               
 56   D2S48               
 58   GYPC                
 59   D2S45               
 61   LCT                 
 62   POMC                
 65   D2S47               
 66   D2S6                
 67   D2S49               
 68   D2S44               
 69   D2S43               
 70   D2S46               
 71   CD8A                
 75   TGFA_3              
 77   Prot_C/pcr          



ordered loci:
55 68 1 69 33 59 40 66 56 54 50 65 

inserted loci:
44 16 29 5 49 24 10 67 77 26 31 34 62 70 22 75 61 42 28 35 18 6 20 38 15 58 17 71 36 21 37 13 




current orders
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  


current orders
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  44  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  44  


current orders
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  5   65  44  
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  44  65  5   


current orders
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  5   42  65  44  
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  44  65  42  5   


current orders
55  68  16  1   69  33  59  40  66  56  54  50  5   42  65  44  
55  68  16  1   69  33  59  40  66  56  54  50  44  65  42  5   
55  68  1   16  69  33  59  40  66  56  54  50  5   42  65  44  
55  68  1   16  69  33  59  40  66  56  54  50  44  65  42  5   


current orders
55  68  16  1   69  10  33  59  40  66  56  54  50  5   42  65  44  
55  68  16  1   69  10  33  59  40  66  56  54  50  44  65  42  5   
55  68  1   16  69  10  33  59  40  66  56  54  50  5   42  65  44  
55  68  1   16  69  10  33  59  40  66  56  54  50  44  65  42  5   
55  68  16  1   69  33  10  59  40  66  56  54  50  5   42  65  44  
55  68  16  1   69  33  10  59  40  66  56  54  50  44  65  42  5   
55  68  1   16  69  33  10  59  40  66  56  54  50  5   42  65  44  
55  68  1   16  69  33  10  59  40  66  56  54  50  44  65  42  5   

100800 bytes allocated in orders_morecore


current orders
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  


orders_temp
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  44  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  44  


orders_temp
55  68  16  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   16  69  33  59  40  66  56  54  50  65  


orders_temp
55  68  1   69  33  59  40  29  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  29  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  56  29  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  29  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  29  65  


orders_temp
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  5   65  
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  5   


orders_temp
49  55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  49  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  68  49  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   49  69  33  59  40  66  56  54  50  65  


orders_temp
55  68  1   69  24  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  24  59  40  66  56  54  50  65  


orders_temp
55  68  1   69  10  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  10  59  40  66  56  54  50  65  


orders_temp
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  67  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  67  


orders_temp
55  68  77  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   77  69  33  59  40  66  56  54  50  65  


orders_temp
55  68  1   69  26  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  26  59  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  26  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  26  66  56  54  50  65  


orders_temp
55  68  1   69  33  59  31  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  31  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  31  56  54  50  65  


orders_temp
55  68  1   69  33  59  40  66  56  34  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  34  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  34  65  


orders_temp
55  68  1   69  33  59  40  66  62  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  56  62  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  62  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  62  65  


orders_temp
55  68  1   69  33  59  40  66  70  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  56  70  54  50  65  


orders_temp
22  55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  22  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  


orders_temp
55  68  1   69  33  75  59  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  75  40  66  56  54  50  65  


orders_temp
61  55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  61  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   61  69  33  59  40  66  56  54  50  65  


orders_temp
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  42  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  42  


orders_temp
55  68  1   69  28  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  28  59  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  28  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  28  66  56  54  50  65  


orders_temp
55  68  1   69  33  59  35  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  35  66  56  54  50  65  
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55  68  1   69  33  59  40  66  56  35  54  50  65  


orders_temp
18  55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  18  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  


orders_temp
55  68  1   69  33  6   59  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  6   40  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  6   66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  6   56  54  50  65  


orders_temp
55  68  1   20  69  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  20  33  59  40  66  56  54  50  65  


orders_temp
38  55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  
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55  68  1   69  33  59  40  38  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  66  38  56  54  50  65  
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55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  38  


orders_temp
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55  68  1   69  33  59  15  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   69  33  59  40  15  66  56  54  50  65  


orders_temp
58  55  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  58  68  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  68  58  1   69  33  59  40  66  56  54  50  65  
55  68  1   58  69  33  59  40  66  56  54  50  65  
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22  55  13  61  68  16  1   49  20  69  10  33  24  59  26  35  40  31  66  29  56  54  50  44  67  65  42  5   
22  55  13  61  68  1   16  49  20  69  10  33  24  59  26  35  40  31  66  29  56  54  50  44  67  65  42  5   
22  55  13  61  68  16  1   49  20  69  10  33  24  59  26  35  40  31  29  66  56  54  50  44  65  42  67  5   
22  55  13  61  68  1   16  49  20  69  10  33  24  59  26  35  40  31  29  66  56  54  50  44  65  42  67  5   
22  55  13  61  68  16  1   49  20  69  10  33  24  59  26  35  40  31  66  29  56  54  50  44  65  42  67  5   
22  55  13  61  68  1   16  49  20  69  10  33  24  59  26  35  40  31  66  29  56  54  50  44  65  42  67  5   
22  55  61  13  68  16  1   49  20  69  10  33  24  59  26  35  40  31  66  29  56  54  50  44  67  65  42  5   
22  55  61  13  68  1   16  49  20  69  10  33  24  59  26  35  40  31  66  29  56  54  50  44  67  65  42  5   
22  55  61  13  68  16  1   49  20  69  10  33  24  59  26  35  40  31  29  66  56  54  50  44  65  42  67  5   
22  55  61  13  68  1   16  49  20  69  10  33  24  59  26  35  40  31  29  66  56  54  50  44  65  42  67  5   
22  55  61  13  68  16  1   49  20  69  10  33  24  59  26  35  40  31  66  29  56  54  50  44  65  42  67  5   
22  55  61  13  68  1   16  49  20  69  10  33  24  59  26  35  40  31  66  29  56  54  50  44  65  42  67  5   





  1   D2S54               
  5   ACP1                
  6   CALMOD              
 10   D2S25               
 13   D2S36               
 15   D2S34               
 16   D2S21               
 17   D2S19               
 18   D2S20               
 20   D2S41               
 21   D2S40               
 22   D2S39               
 24   D2S38_2             
 26   D2S30               
 28   D2S31               
 29   D2S27               
 31   D2S28               
 33   D2S62               
 34   D2S16               
 35   D2S17               
 36   IL1-RN/pcr          
 37   IL1A/pcr            
 38   IMR-6               
 40   D2S5_2              
 42   D2S1_2              
 44   TPO                 
 49   LCO                 
 50   D2S70               
 54   APOB_2              
 55   D2S51               
 56   D2S48               
 58   GYPC                
 59   D2S45               
 61   LCT                 
 62   POMC                
 65   D2S47               
 66   D2S6                
 67   D2S49               
 68   D2S44               
 69   D2S43               
 70   D2S46               
 71   CD8A                
 75   TGFA_3              
 77   Prot_C/pcr          









Sex_averaged map (recomb. frac., Kosambi cM):

 22   D2S39                       0.0                    
                    0.22   23.3
 55   D2S51                      23.3                    
                    0.12   12.1
 61   LCT                        35.4                    
                    0.06    5.9
 68   D2S44                      41.2                    
                    0.05    5.2
  1   D2S54                      46.5                    
                    0.00*   0.0
  3   D2S54_2                    46.5                    
                    0.05    5.5
 49   LCO                        52.0                    
                    0.05    4.9
 20   D2S41                      56.9                    
                    0.04    3.8
 69   D2S43                      60.7                    
                    0.12   11.9
 10   D2S25                      72.5                    
                    0.03    2.8
 33   D2S62                      75.3                    
                    0.02    1.9
 24   D2S38_2                    77.3                    
                    0.00*   0.0
 23   D2S38                      77.3                    
                    0.12   12.6
 59   D2S45                      89.8                    
                    0.10    9.8
 26   D2S30                      99.6                    
                    0.08    7.9
 28   D2S31                     107.4                    
                    0.03    3.2
 40   D2S5_2                    110.6                    
                    0.00*   0.0
 39   D2S5                      110.6                    
                    0.06    6.1
 31   D2S28                     116.7                    
                    0.15   15.6
 66   D2S6                      132.3                    
                    0.15   15.9
 56   D2S48                     148.2                    
                    0.14   14.6
 54   APOB_2                    162.8                    
                    0.00*   0.0
 53   APOB                      162.8                    
                    0.06    5.9
 50   D2S70                     168.7                    
                    0.36   44.8
 44   TPO                       213.5                    
                    0.00*   0.0
 45   TPO_2                     213.5                    
                    0.03    3.2
 65   D2S47                     216.7                    
                    0.01    1.4
 42   D2S1_2                    218.1                    
                    0.00*   0.0
 41   D2S1                      218.1                    
                    0.04    3.6
  5   ACP1                      221.7                    

* denotes recomb. frac. held fixed in this analysis


log10_like = -902.96






Sex-specific map (recomb. frac., Kosambi cM -- female, male ):

 22   D2S39                       0.0                            0.0                    
                    0.21   22.4                    0.26   29.4
 55   D2S51                      22.4                           29.4                    
                    0.17   17.6                    0.07    7.2
 61   LCT                        40.0                           36.6                    
                    0.00    0.0                    0.09    8.7
 68   D2S44                      40.0                           45.3                    
                    0.04    4.3                    0.06    6.5
  1   D2S54                      44.3                           51.8                    
                    0.00*   0.0                    0.00*   0.0
  3   D2S54_2                    44.3                           51.8                    
                    0.08    7.8                    0.03    3.4
 49   LCO                        52.1                           55.2                    
                    0.04    4.1                    0.06    6.2
 20   D2S41                      56.2                           61.4                    
                    0.04    4.4                    0.03    2.9
 69   D2S43                      60.6                           64.3                    
                    0.15   15.8                    0.08    8.4
 10   D2S25                      76.4                           72.7                    
                    0.05    4.9                    0.01    1.2
 33   D2S62                      81.3                           73.9                    
                    0.05    4.7                    0.00    0.1
 24   D2S38_2                    86.0                           74.0                    
                    0.00*   0.0                    0.00*   0.0
 23   D2S38                      86.0                           74.0                    
                    0.19   19.7                    0.06    6.4
 59   D2S45                     105.6                           80.4                    
                    0.13   13.5                    0.09    8.9
 26   D2S30                     119.1                           89.2                    
                    0.12   11.9                    0.06    6.3
 28   D2S31                     130.9                           95.6                    
                    0.00    0.1                    0.03    3.3
 40   D2S5_2                    131.1                           98.8                    
                    0.00*   0.0                    0.00*   0.0
 39   D2S5                      131.1                           98.8                    
                    0.09    9.3                    0.00    0.0
 31   D2S28                     140.3                           98.8                    
                    0.21   22.7                    0.09    9.4
 66   D2S6                      163.0                          108.2                    
                    0.22   23.8                    0.09    8.8
 56   D2S48                     186.7                          117.1                    
                    0.18   18.8                    0.09    9.1
 54   APOB_2                    205.5                          126.2                    
                    0.00*   0.0                    0.00*   0.0
 53   APOB                      205.5                          126.2                    
                    0.03    2.8                    0.08    8.1
 50   D2S70                     208.3                          134.3                    
                    0.38   49.1                    0.34   41.9
 44   TPO                       257.4                          176.3                    
                    0.00*   0.0                    0.00*   0.0
 45   TPO_2                     257.4                          176.3                    
                    0.04    4.0                    0.03    2.7
 65   D2S47                     261.4                          178.9                    
                    0.00    0.0                    0.03    2.9
 42   D2S1_2                    261.4                          181.8                    
                    0.00*   0.0                    0.00*   0.0
 41   D2S1                      261.4                          181.8                    
                    0.05    5.1                    0.02    2.0
  5   ACP1                      266.5                          183.8                    

* denotes recomb. frac. held fixed in this analysis

log10_like = -889.73






D2S21
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                  X   X                                                                             

-913.90
-913.90


D2S27
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                                                                  X   X                             

-920.04
-919.18


D2S49
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                                                                                      X       X     

-945.50
-943.89


Prot_C/pcr
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                  X   X                                                                             

-950.84
-951.55


D2S16
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                                                                          X   X   X                 

-923.16
-921.80
-922.43


POMC
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                                                                      X   X   X   X                 

-936.16
-935.50
-935.86
-935.92


D2S46
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                                                                      X   X                         

-977.21
-975.85


TGFA_3
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                                              X   X                                                 

-940.86
-940.87


D2S17
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                                                      X   X                                         

-943.19
-942.61


D2S20
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
      X   X   X                                                                                     

-924.86
-924.65
-926.21


CALMOD
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                                                              X   X                                 

-930.45
-930.44


IMR-6
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                                                      X   X   X   X                                 

-925.19
-922.73
-921.24
-921.91


D2S34
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                                                      X   X   X                                     

-916.94
-911.22
-911.21


GYPC
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                  X   X                                                                             

-917.10
-917.10


D2S19
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                                                                  X   X                             

-919.82
-918.12


CD8A
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                                      X   X   X                                                     

-922.74
-923.97
-922.43


IL1-RN/pcr
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                              X   X                                                                 

-908.20
-908.20


D2S40
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
  X   X                                                                                             

-926.26
-925.67


IL1A/pcr
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
                          X   X   X                                                                 

-911.07
-910.84
-910.41


D2S36
    22  55  61  68  1   49  20  69  10  33  24  59  26  28  40  31  66  56  54  50  44  65  42  5   
          X   X                                                                                     

-910.32
-910.23