chromosome 2
100800 bytes allocated in orders_morecore
3024000 bytes allocated in morecore
Option chosen: flips2
Current values for parameters:
par_file = chr2.par
dat_file = chr2.dat
gen_file = chr2.gen
ord_file = chr2.ord
nb_our_alloc = 3000000 [# bytes reserved for our_alloc]
SEX_EQ = 1 [0 = sex specific analysis, 1 = sex equal]
TOL = 0.010000
PUK_NUM_ORDERS_TOL = 6
PK_NUM_ORDERS_TOL = 8
PUK_LIKE_TOL = 2.000
PK_LIKE_TOL = 2.000
use_ord_file = 0
write_ord_file = 0
use_haps = 1
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
0 CRYG1-5 2 CRYG1-5_2 4 CRYG1-5_3
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
1 D2S54 3 D2S54_2
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
24 D2S38_2 23 D2S38
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
40 D2S5_2 39 D2S5
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
42 D2S1_2 41 D2S1
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
44 TPO 45 TPO_2
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
54 APOB_2 53 APOB
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
64 D2S61_2 63 D2S61
Haplotyped system (distances forced to 0.0):
75 TGFA_3 73 TGFA_2 72 TGFA
76 TGFA_4
N.B. Only the first locus in each set is retained in the orders
objects, but the remaining loci are used in all likelihood calculations.
0 CRYG1-5
21 D2S40
55 D2S51
61 LCT
68 D2S44
77 Prot_C/pcr
1 D2S54
49 LCO
20 D2S41
69 D2S43
10 D2S25
33 D2S62
24 D2S38_2
59 D2S45
26 D2S30
28 D2S31
40 D2S5_2
31 D2S28
66 D2S6
17 D2S19
70 D2S46
56 D2S48
54 APOB_2
50 D2S70
44 TPO
65 D2S47
42 D2S1_2
5 ACP1
number of loci to flip = 2
Original order, & its log10_likelihood, followed by
flipped orders, with their relative log10_likelihoods
(= log10_like[orig] - log10_like[curr])
0 21 55 61 68 77 1 49 20 69 10 33 24 59 26 28 40 31 66 17 70 56 54 50 44 65 42 5 -1141.01
21 0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.47
- 55 21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.17
- - 61 55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.80
- - - 68 61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 9.12
- - - - 77 68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 6.09
- - - - - 1 77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.76
- - - - - - 49 1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 7.51
- - - - - - - 20 49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.23
- - - - - - - - 69 20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.37
- - - - - - - - - 10 69 - - - - - - - - - - - - - - - - - 28.82
- - - - - - - - - - 33 10 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.60
- - - - - - - - - - - 24 33 - - - - - - - - - - - - - - - 2.20
- - - - - - - - - - - - 59 24 - - - - - - - - - - - - - - 5.89
- - - - - - - - - - - - - 26 59 - - - - - - - - - - - - - 5.96
- - - - - - - - - - - - - - 28 26 - - - - - - - - - - - - 10.47
- - - - - - - - - - - - - - - 40 28 - - - - - - - - - - - 2.06
- - - - - - - - - - - - - - - - 31 40 - - - - - - - - - - 4.52
- - - - - - - - - - - - - - - - - 66 31 - - - - - - - - - 20.35
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 17 66 - - - - - - - - 2.55
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 70 17 - - - - - - - 9.57
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 56 70 - - - - - - 1.27
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 54 56 - - - - - 5.38
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 50 54 - - - - 3.34
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 44 50 - - - 50.49
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 65 44 - - 4.45
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 42 65 - 3.68
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5 42 4.97