VCF files:
o proj_one -- VCF files from James/Eric [except the Hereford "Lxxx" file]
o proj_two -- BED files from J.Dekkers' data
o proj_anno -- Annotated VCF of Alenxandar data
> pseq proj_one_i-stats.txt
ID NALT NMIN NHET NVAR RATE SING TITV PASS PASS_S QUAL DP
1187 4431574 2291355 2290436 4.43157e+06 0.191514 2049319 1.67887 1117628 957713 NA 8.87623
9111 5968417 3662079 3661153 5.96847e+06 0.257932 3171831 1.11357 1300156 1068379 NA 13.4638
9126J 5028157 2967521 2968005 5.02905e+06 0.217335 2287842 1.75319 1926875 1569325 NA 21.582
988a 4920388 2967243 2967786 4.92128e+06 0.212677 2526868 1.05168 351893 180693 NA 13.4688
989 5014611 2929186 2929749 5.01557e+06 0.216752 2493733 1.09869 452307 253741 NA 13.9661
990 4978381 2878071 2878610 4.97918e+06 0.215179 2337708 1.03125 413533 189694 NA 14.6209
991 5244265 2992039 2992639 5.24518e+06 0.226675 2512079 0.968322 450253 221759 NA 14.0629
992 5151410 3081217 3081870 5.15238e+06 0.222664 2656056 0.83554 389198 204929 NA 12.8505
> pseq proj_one_v-stats.txt
NVAR 23139675
RATE 0.220091
MAC 1.02736
MAF 0.347995
SING 14857907
MONO 4692394
TITV 1.10014
TITV_S 0.829492
DP 10.0715
QUAL NA
PASS 0.390222
FILTER|LowQual 0.609778
FILTER|PASS 0.56992
PASS_S 0.312711
> pseq proj_test v-view | more
chr1:1166 rs111751804 T/C . 1 PASS #---external example line
Chr1:12 . C/T . 1 LowQual
Chr1:82 . C/G . 1 LowQual
Chr1:86 . G/A . 1 LowQual
Chr1:97 . A/G . 1 LowQual
Chr1:185 . C/T . 1 LowQual
Chr1:234 . G/C . 1 PASS
Chr1:250 . C/A . 1 PASS
Chr1:253 . G/A . 1 PASS
Chr1:326 . C/T . 1 PASS
Chr1:353 . T/A . 3 LowQual PASS PASS
Chr1:355 . T/A . 1 LowQual
Chr1:357 . T/A . 1 LowQual
Chr1:380 . G/T . 1 LowQual
Chr1:416 . C/T . 1 LowQual
Chr1:420 . T/A . 6 PASS PASS LowQual PASS LowQual LowQual
Chr1:424 . G/T . 1 LowQual
Chr1:435 . T/C . 5 PASS PASS PASS PASS LowQual
> pseq proj_one v-view --vmeta --gmeta | more
Chr1:12 . C/T . 1 LowQual . .
1187 1 C/T [DP=5;PL=44,0,90;AD=3,2]
9111 . ./. [.]
988 . ./. [.]
989 . ./. [.]
990 . ./. [.]
991 . ./. [.]
992 . ./. [.]
9126J . ./. [.]
Chr1:82 . C/G . 1 LowQual . .
1187 1 C/G [DP=5;PL=44,0,102;AD=3,2]
9111 . ./. [.]
988 . ./. [.]
989 . ./. [.]
990 . ./. [.]
991 . ./. [.]
992 . ./. [.]
9126J . ./. [.]
> pseq proj_one counts | more
VAR REF/ALT MINOR CNT TOT
Chr1:185 C/T T 1 2
Chr1:234 G/C C 1 2
Chr1:250 C/A A 1 2
Chr1:253 G/A G 0 2
Chr1:326 C/T T 1 2
Chr1:353 T/A T 2 6
Chr1:355 T/A A 1 2
Chr1:357 T/A A 1 2
Chr1:380 G/T T 1 2
Chr1:416 C/T T 1 2
Chr1:420 T/A T 2 12
Chr1:424 G/T T 1 2
Chr1:435 T/C C 5 10
Chr1:512 G/A A 2 4
Chr1:571 T/C T 3 14
Chr1:575 A/G G 1 2
Chr1:638 G/A A 2 4
Chr1:695 T/A T 0 8
Chr1:696 T/C T 0 8
Chr1:711 G/A G 0 2
Chr1:719 A/C C 1 2
Chr1:734 C/A A 3 6
Chr1:738 T/C T 2 10
Chr1:749 G/A A 1 2
Chr1:751 T/C C 3 6
> pseq proj_one counts --mask limit=14
VAR REF/ALT MINOR CNT TOT
Chr1:185 C/T T 1 2
Chr1:234 G/C C 1 2
Chr1:250 C/A A 1 2
Chr1:253 G/A G 0 2
Chr1:326 C/T T 1 2
Chr1:353 T/A T 2 6
Chr1:355 T/A A 1 2
Chr1:357 T/A A 1 2
Chr1:380 G/T T 1 2
Chr1:416 C/T T 1 2
Chr1:420 T/A T 2 12
Chr1:424 G/T T 1 2
Chr1:435 T/C C 5 10
Chr1:512 G/A A 2 4
> pseq proj_one meta-matrix --mask limit=10
CHR POS ID AC AF AN DP MQ MQ0 SB BaseQRankSum DS Dels FS HRun HaplotypeScore InbreedingCoeff MQRankSum QD ReadPosRankSum sumGLbyD F1_AC F1_AF F1_AN F1_DP F1_MQ F1_MQ0 F1_SB F1_BaseQRankSum F1_DS F1_Dels F1_FS F1_HRun F1_HaplotypeScore F1_InbreedingCoeff F1_MQRankSum F1_QD F1_ReadPosRankSum F1_sumGLbyD F1_PASS F1_LowQual F2_AC F2_AF F2_AN F2_DP F2_MQ F2_MQ0 F2_SB F2_BaseQRankSum F2_DS F2_Dels F2_FS F2_HRun F2_HaplotypeScore F2_InbreedingCoeff F2_MQRankSum F2_QD F2_ReadPosRankSum F2_sumGLbyD F2_PASS F2_LowQual F3_AC F3_AF F3_AN F3_DP F3_MQ F3_MQ0 F3_SB F3_BaseQRankSum F3_DS F3_Dels F3_FS F3_HRun F3_HaplotypeScore F3_InbreedingCoeff F3_MQRankSum F3_QD F3_ReadPosRankSum F3_sumGLbyD F3_PASS F3_LowQual F4_AC F4_AF F4_AN F4_DP F4_MQ F4_MQ0 F4_SB F4_BaseQRankSum F4_DS F4_Dels F4_FS F4_HRun F4_HaplotypeScore F4_InbreedingCoeff F4_MQRankSum F4_QD F4_ReadPosRankSum F4_sumGLbyD F4_PASS F4_LowQual F5_AC F5_AF F5_AN F5_DP F5_MQ F5_MQ0 F5_SB F5_BaseQRankSum F5_DS F5_Dels F5_FS F5_HRun F5_HaplotypeScore F5_InbreedingCoeff F5_MQRankSum F5_QD F5_ReadPosRankSum F5_sumGLbyD F5_PASS F5_LowQual F6_AC F6_AF F6_AN F6_DP F6_MQ F6_MQ0 F6_SB F6_BaseQRankSum F6_DS F6_Dels F6_FS F6_HRun F6_HaplotypeScore F6_InbreedingCoeff F6_MQRankSum F6_QD F6_ReadPosRankSum F6_sumGLbyD F6_PASS F6_LowQual F7_AC F7_AF F7_AN F7_DP F7_MQ F7_MQ0 F7_SB F7_BaseQRankSum F7_DS F7_Dels F7_FS F7_HRun F7_HaplotypeScore F7_InbreedingCoeff F7_MQRankSum F7_QD F7_ReadPosRankSum F7_sumGLbyD F7_PASS F7_LowQual F8_AC F8_AF F8_AN F8_DP F8_MQ F8_MQ0 F8_SB F8_BaseQRankSum F8_DS F8_Dels F8_FS F8_HRun F8_HaplotypeScore F8_InbreedingCoeff F8_MQRankSum F8_QD F8_ReadPosRankSum F8_sumGLbyD F8_PASS F8_LowQual
26 12 . NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.5 2 5 29.62 0 NA -1.231 1 0 NA 1 0 NA -0.358 2.88 -1.231 NA 0 1 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0
26 82 . NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.5 2 5 32.73 0 NA 0.358 1 0 NA 0 0.9993 NA -1.231 2.87 -0.358 NA 0 1 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0
26 86 . NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.5 2 5 32.73 0 NA 0.358 1 0 NA 0 0.9997 NA -1.231 2.87 0.358 NA 0 1 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0
26 97 . NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.5 2 5 32.73 0 NA 0.358 1 0 NA 0 0 NA -1.231 2.87 1.231 NA 0 1 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0
26 185 . NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.5 2 5 34.93 0 NA 0.358 1 0 NA 0 0 NA 0.358 5.52 -0.358 NA 0 1 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0
26 234 . NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.5 2 5 32.73 0 NA 0.358 1 0 0 0 0 NA -0.358 10.84 -1.231 NA 1 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0
26 250 . NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.5 2 5 30.06 0 NA -0.731 1 0 0 0 0 NA -0.731 16.38 -0.731 NA 1 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0
26 253 . NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2 1 2 5 23.41 0 NA NA 1 0 0 1 0 NA NA 21.51 NA NA 1 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0
26 326 . NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 0.5 2 5 37 0 NA 0.358 1 0 0 0 0 NA 0.358 6.99 0.358 NA 1 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0
26 353 . NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.5 2 1 37 0 -0.01 NA 0 0 NA 0 0 NA NA 10.43 NA 41.77 0 1 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 2 1 2 5 48.5 0 -44.28 NA 0 0 NA 0 0 NA NA 26.79 NA 33.35 1 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0 1 0.5 2 3 51.77 0 -0.01 NA 0 0 NA 0 0 NA NA 16.81 NA 26.81 1 0 NA NA NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0 0
> pseq proj_one write-vcf --show HM2 HM3 | head -10
##fileformat=VCFv4.1
##source=pseq
##FILTER=
##FILTER=
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT 1187 9111 988 989 990 991 992 9126J
Chr1 12 . C T . . . GT 0/1 . . . . . . .
Chr1 82 . C G . . . GT 0/1 . . . . . . .
Chr1 86 . G A . . . GT 0/1 . . . . . . .
Chr1 97 . A G . . . GT 0/1 . . . . . . .
Chr1 185 . C T . . . GT 0/1 . . . . . . .
> pseq proj_one write-vcf --show HM2 HM3 --mask indiv=1187 | head -10
{2:57pm.DELL}:/home/hu/V:[hu] more 11
##fileformat=VCFv4.1
##source=pseq
##FILTER=
##FILTER=
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT 1187
Chr1 12 . C T 14.39 LowQual . GT 0/1
Chr1 82 . C G 14.37 LowQual . GT 0/1
Chr1 86 . G A 14.37 LowQual . GT 0/1
Chr1 97 . A G 14.37 LowQual . GT 0/1
Chr1 185 . C T 27.61 LowQual . GT 0/1
> pseq proj_one write-vcf --show HM2 HM3 --mask reg=Chr1 (NOT WORKING)
> pseq proj_one v-view --samples --vmeta | head -10
Chr1:12 . C/T . 1 LowQual . .
Chr1:12 . C/T 1 LowQual AC=1;AF=0.5;AN=2;DP=5;MQ=29.62;MQ0=0;BaseQRankSum=-1.231;DS;Dels=0;HRun=1;HaplotypeScore=0;MQRankSum=-0.358;QD=2.88;ReadPosRankSum=-1.231
Chr1:82 . C/G . 1 LowQual . .
Chr1:82 . C/G 1 LowQual AC=1;AF=0.5;AN=2;DP=5;MQ=32.73;MQ0=0;BaseQRankSum=0.358;DS;Dels=0;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQRankSum=-1.231;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.358
Chr1:86 . G/A . 1 LowQual . .
Chr1:86 . G/A 1 LowQual AC=1;AF=0.5;AN=2;DP=5;MQ=32.73;MQ0=0;BaseQRankSum=0.358;DS;Dels=0;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQRankSum=-1.231;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.358
Chr1:97 . A/G . 1 LowQual . .
Chr1:97 . A/G 1 LowQual AC=1;AF=0.5;AN=2;DP=5;MQ=32.73;MQ0=0;BaseQRankSum=0.358;DS;Dels=0;HRun=0;HaplotypeScore=0;MQRankSum=-1.231;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.231
Chr1:185 . C/T . 1 LowQual . .
Chr1:185 . C/T 1 LowQual AC=1;AF=0.5;AN=2;DP=5;MQ=34.93;MQ0=0;BaseQRankSum=0.358;DS;Dels=0;HRun=0;HaplotypeScore=0;MQRankSum=0.358;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.358
> pseq proj_one loc-summary
---Locus DB summary---
(empty)
> pseq proj seq-summary
(no output)
> pseq proj_one v-view --vmeta --samples --verbose --mask limit=2
Chr1:12 . C/T . 1 LowQual
Chr1:12 . C/T 1 LowQual
AC = 1
AF = 0.5
AN = 2
DP = 5
MQ = 29.62
MQ0 = 0
BaseQRankSum = -1.231
DS flag set
Dels = 0
HRun = 1
HaplotypeScore = 0
MQRankSum = -0.358
QD = 2.88
ReadPosRankSum = -1.231
Chr1:82 . C/G . 1 LowQual
Chr1:82 . C/G 1 LowQual
AC = 1
AF = 0.5
AN = 2
DP = 5
MQ = 32.73
MQ0 = 0
BaseQRankSum = 0.358
DS flag set
Dels = 0
HRun = 0
HaplotypeScore = 0.9993
MQRankSum = -1.231
QD = 2.87
ReadPosRankSum = -0.358
> pseq proj_two v-view --vmeta --samples --verbose --mask limit=2
chr1:240047 MARC0044150 A/G . 1 PASS
chr1:240047 MARC0044150 A/G 1 .
chr1:273456 ASGA0000005 A/C . 1 PASS
chr1:273456 ASGA0000005 A/C 1 .
> pseq proj_one rv-view --mask reg=Chr1:2183744,Chr1:3238228
(no output)
> pseq proj_one rv-view | more
Chr1:185 . C/T . 1 LowQual
1187 1 C/T
Chr1:234 . G/C . 1 PASS
1187 1 G/C
Chr1:250 . C/A . 1 PASS
1187 1 C/A
Chr1:253 . G/A . 1 PASS
Chr1:326 . C/T . 1 PASS
1187 1 C/T
Chr1:353 . T/A . 3 LowQual PASS PASS
9111 2 T/A
992 7 T/A
Chr1:355 . T/A . 1 LowQual
1187 1 T/A
Chr1:357 . T/A . 1 LowQual
1187 1 T/A
Chr1:380 . G/T . 1 LowQual
9111 2 G/T
Chr1:416 . C/T . 1 LowQual
1187 1 C/T
Chr1:420 . T/A . 6 PASS PASS LowQual PASS LowQual LowQual
> pseq proj_one mrv-view --phenotype phe1 --mask reg=Chr1:27794,Chr1:37959
(no output)
> pseq proj_one g-view --mask loc.group=refseq
> pseq proj_two g-view --mask loc.group=refseq
(no output)
> pseq proj_anno g-view --geno --mask gene=GRIK3 | more
> pseq proj_anno g-view --geno | more
> pseq proj_anno g-view | more
(no output)
> pseq proj_one v-view --samples --vmeta --mask reg=Chr1:348337 | more
(no output)
> pseq proj_two v-view --samples --vmeta --mask reg=Chr1:348337 | more
chr1:240047 MARC0044150 A/G . 1 PASS . .
chr1:240047 MARC0044150 A/G 1 . .
chr1:273456 ASGA0000005 A/C . 1 PASS . .
chr1:273456 ASGA0000005 A/C 1 . .
chr1:295595 ASGA0000014 A/C . 1 PASS . .
chr1:295595 ASGA0000014 A/C 1 . .
chr1:342990 H3GA0000026 A/G . 1 PASS . .
chr1:342990 H3GA0000026 A/G 1 . .
chr1:416471 ASGA0000021 C/A . 1 PASS . .
chr1:416471 ASGA0000021 C/A 1 . .
chr1:507934 ALGA0000014 A/G . 1 PASS . .
chr1:507934 ALGA0000014 A/G 1 . .
chr1:553192 H3GA0000032 A/C . 1 PASS . .
chr1:553192 H3GA0000032 A/C 1 . .
chr1:563132 INRA0000015 A/G . 1 PASS . .
chr1:563132 INRA0000015 A/G 1 . .
chr1:620719 M1GA0000060 A/G . 1 PASS . .
chr1:620719 M1GA0000060 A/G 1 . .
chr1:643315 ASGA0000047 A/G . 1 PASS . .
chr1:643315 ASGA0000047 A/G 1 . .
> pseq proj_one v-view --gmeta --mask reg=Chr1:30018 | more
(no output)
> pseq proj_two v-view --gmeta --mask reg=Chr1:30018 | more
chr1:240047 MARC0044150 A/G . 1 PASS
100001301 1 G/G [.]
100001305 1 G/G [.]
100001306 1 G/G [.]
100001308 1 G/G [.]
100001309 1 G/G [.]
100001403 1 A/G [.]
100001409 1 A/G [.]
100001413 1 A/G [.]
100001501 1 G/G [.]
100001504 1 G/G [.]
100001506 1 G/G [.]
100001507 1 G/G [.]
100001512 1 G/G [.]
100001601 1 A/G [.]
> pseq proj_two v-view --gmeta --mask indiv=100001306 | more
chr1:240047 MARC0044150 A/G . 1 PASS
100001306 1 G/G [.]
chr1:273456 ASGA0000005 A/C . 1 PASS
100001306 1 C/C [.]
chr1:295595 ASGA0000014 A/C . 1 PASS
100001306 1 C/C [.]
chr1:342990 H3GA0000026 A/G . 1 PASS
100001306 1 A/G [.]
chr1:416471 ASGA0000021 C/A . 1 PASS
100001306 1 A/A [.]
chr1:507934 ALGA0000014 A/G . 1 PASS
100001306 1 A/G [.]
chr1:553192 H3GA0000032 A/C . 1 PASS
100001306 1 C/C [.]
> pseq proj_anno v-view --mask reg=Chr1:30018 --geno --gmeta --hide-null | more
> pseq proj_one v-view --mask reg=Chr1:30018 --geno --gmeta --hide-null | more
(no output)
> pseq proj_two v-view --mask reg=Chr1:30018 --geno --gmeta --hide-null | more
chr1:240047 MARC0044150 A/G . 1 PASS
100001301 1 G/G [.]
100001305 1 G/G [.]
100001306 1 G/G [.]
100001308 1 G/G [.]
100001309 1 G/G [.]
100001403 1 A/G [.]
100001409 1 A/G [.]
100001413 1 A/G [.]
100001501 1 G/G [.]
100001504 1 G/G [.]
> pseq proj_two v-view --mask reg=Chr1:30018 --geno --gmeta --only-alt | more
chr1:240047 MARC0044150 A/G . 1 PASS
100001301 1 G/G [.]
100001305 1 G/G [.]
100001306 1 G/G [.]
100001308 1 G/G [.]
100001309 1 G/G [.]
100001403 1 A/G [.]
100001409 1 A/G [.]
100001413 1 A/G [.]
100001501 1 G/G [.]
100001504 1 G/G [.]
> pseq proj_two v-stats --mask monomorphic | more
NVAR 0
RATE NA
MAC NA
MAF NA
SING 0
MONO 0
TITV NA
TITV_S NA
DP NA
QUAL NA
PASS 0
PASS_S 0
> pseq proj_two v-matrix --mask gene=NR indiv=100001306 | more
VAR REF ALT 100001306
chr1:240047 A G 2
chr1:273456 A C 2
chr1:295595 A C 2
chr1:342990 A G 1
chr1:416471 C A 2
chr1:507934 A G 1
chr1:553192 A C 2
chr1:563132 A G 1
chr1:620719 A G 1
chr1:643315 A G 1
chr1:659754 A G 2
chr1:669842 A G 1
chr1:683873 A C 2
chr1:697944 A G 1
chr1:774093 A C 1
> pseq proj_two meta-matrix --show AN AA DP BN --mask reg=Chr1 | more
CHR POS ID
1 240047 MARC0044150
1 273456 ASGA0000005
1 295595 ASGA0000014
1 342990 H3GA0000026
1 416471 ASGA0000021
1 507934 ALGA0000014
1 553192 H3GA0000032
1 563132 INRA0000015
1 620719 M1GA0000060
1 643315 ASGA0000047
1 659754 H3GA0000048
1 669842 ALGA0000009
1 683873 ALGA0000021
1 697944 ALGA0000022
1 774093 ASGA0000050
> pseq proj_two v-stats --stats mean=HM2,HM3
NVAR 51826
RATE 0.993097
MAC 1133.51
MAF 0.252242
SING 263
MONO 0
TITV 4.29702
TITV_S 4.59574
DP NA
QUAL NA
PASS 1
FILTER|PASS 0.999691
PASS_S 1
> pseq proj_two v-stats --stats count=HM2,HM3
NVAR 51826
RATE 0.993097
MAC 1133.51
MAF 0.252242
SING 263
MONO 0
TITV 4.29702
TITV_S 4.59574
DP NA
QUAL NA
PASS 1
FILTER|PASS 0.999691
PASS_S 1
> pseq proj_two v-stats --stats count=AA [not as expected]
NVAR 51826
RATE 0.993097
MAC 1133.51
MAF 0.252242
SING 263
MONO 0
TITV 4.29702
TITV_S 4.59574
DP NA
QUAL NA
PASS 1
FILTER|PASS 0.999691
PASS_S 1
> pseq proj_two mrv-view --mask reg=Chr1:27794979,Chr1:27795044 | more
NAME=[] N(V)=51826 N(I)=2263
V1 chr1:240047
V2 chr1:273456
V3 chr1:295595
V4 chr1:342990
V5 chr1:416471
V6 chr1:507934
V7 chr1:553192
V8 chr1:563132
V9 chr1:620719
V10 chr1:643315
V11 chr1:659754
V12 chr1:669842
V13 chr1:683873
V14 chr1:697944
V15 chr1:774093
V16 chr1:787565
V17 chr1:816521
> pseq proj_one v-stats --stats count=AA [NOT AS EXPECTED]
NVAR 23139675
RATE 0.220091
MAC 1.02736
MAF 0.347995
SING 14857907
MONO 4692394
TITV 1.10014
TITV_S 0.829492
DP 10.0715
QUAL NA
PASS 0.390222
FILTER|LowQual 0.609778
FILTER|PASS 0.56992
PASS_S 0.312711
plinkseq warning: **serious** incompatible REF sequences : Chr1:506641
plinkseq warning: **serious** incompatible REF sequences : Chr1:506641
plinkseq warning: **serious** incompatible REF sequences : Chr1:598791
plinkseq warning: **serious** incompatible REF sequences : Chr1:643860
plinkseq warning: **serious** incompatible REF sequences : Chr1:660632
plinkseq warning: **serious** incompatible REF sequences : Chr1:672296
plinkseq warning: **serious** incompatible REF sequences : Chr1:722192
plinkseq warning: **serious** incompatible REF sequences : Chr1:848956
plinkseq warning: **serious** incompatible REF sequences : Chr1:861521
plinkseq warning: **serious** incompatible REF sequences (repeated 30761 times)
> pseq proj_anno g-stats > 11 &
pseq error : no gene-grouping specified for g-stat
> pseq proj_one v-freq | head -20
VAR CHR POS REF ALT FILTER QUAL TI GENO MAF REFMIN HWE HET NSNP
Chr1:185 26 185 C T LowQual . 1 0.125 0.5 0 1 1 3
Chr1:234 26 234 G C PASS . 0 0.125 0.5 0 1 1 3
Chr1:250 26 250 C A PASS . 0 0.125 0.5 0 1 1 2
Chr1:253 26 253 G A PASS . 1 0.125 0 1 1 0 2
Chr1:326 26 326 C T PASS . 1 0.125 0.5 0 1 1 7
Chr1:353 26 353 T A LowQual,PASS,PASS . 0 0.375 0.333333 1 1 0.666667 7
Chr1:355 26 355 T A LowQual . 0 0.125 0.5 0 1 1 6
Chr1:357 26 357 T A LowQual . 0 0.125 0.5 0 1 1 5
Chr1:380 26 380 G T LowQual . 0 0.125 0.5 0 1 1 4
Chr1:416 26 416 C T LowQual . 1 0.125 0.5 0 1 1 4
Chr1:420 26 420 T A PASS,PASS,LowQual,PASS,LowQual,LowQual . 0 0.75 0.166667 1 1 0.333333 3
Chr1:424 26 424 G T LowQual . 0 0.125 0.5 0 1 1 2
Chr1:435 26 435 T C PASS,PASS,PASS,PASS,LowQual . 1 0.625 0.5 0 0.126984 1 1
Chr1:512 26 512 G A LowQual,PASS . 1 0.25 0.5 0 1 1 2
Chr1:571 26 571 T C PASS,PASS,PASS,PASS,PASS,LowQual,LowQual . 1 0.875 0.214286 1 1 0.428571 2